生物過濾系統是利用好氧細菌幫助有機物的氧化，使有毒的亞硝酸氧化成無毒的硝酸鹽，再由厭氧性脫氮細菌將硝酸鹽還原成氮氣釋放回大氣中。

一、細菌性生物過濾系統必備的三大特性：

當細菌在過濾器的濾材中滋生后就可以使濾材由原先的純機械性過濾功能因此兼具了生物性過濾的效果。若需要在短時間內達到所需的細菌活性，我們可以經由硝化細菌與酵素的組合施用于過濾棉、海綿、木材、活性碳、生物過濾球等過濾器材，便可將培養期減短幾天。

三、硝化細菌和厭氧細菌：

生物過濾系統中的主角--硝化細菌是一種好氧細菌，它的作用必定會增加氧氣的消耗量，因此必須注意過濾系統的水流速度，每100公升的水族箱中其過濾速度不能低于每小時50公升，以達到溶氧量。

四、值得一提的：

若因停電致使過濾系統無法啟動，水流便會隨之完全停止，好氧細菌因而大量死亡，此時整個生物過濾系統就會徹底破壞，而滴流式過濾器可以在停電或無水供應的情況下仍可維持作用兩天。不但如此，滴流式過濾器還可隨時保持水中溶氧量在80-100%的飽和溶氧量，而密封式過濾器就只能保持在20-30%的溶氧量了。所以滴流式過濾器對于水中生物和好氧性細菌都有著極大的影響和助益。